Chương trình Năng suất xanh bắt đầu được đưa vào triển khai thực hiện tại các cộng đồng tại Việt nam từ năm 1998 cho 3 làng điểm (thôn Tĩnh Lộc và Khả Lý Hạ, huyện Việt Yên, tỉnh Bắc Giang; ấp Mỹ Khánh B, huyện Củ Chi, thành phố Hồ Chí Minh). Tại giai đoạn này, chương trình Năng suất xanh chủ yếu tập trung vào giải quyết những vấn đề chính tại địa phương như nước sạch, chất thải rắn, thuốc trừ sâu và phân bón hoá học, phát triển ngành nghề địa phương. Trong giai đoạn 2 (1999 – 2000), chương trình được mở rộng ra 9 làng khác tại 8 tỉnh miền Bắc, miền Trung và miền Nam (Bắc Giang, Ninh Bình, Huế, Đà nẵng, Phú Yên, Hồ Chí Minh, Cần Thơ, Vĩnh Long). Bảng 1 tóm tắt các giải pháp Năng suất xanh được áp dụng trong giai đoạn 1 và giai đoạn 2.